（1）凝膠成像：可以對蛋白質凝膠，DNA凝膠，RNA凝膠樣品進行圖象采集，并可應用成像系統自帶軟件直接進行分析。樣品包括：EtBr、SYBR Green、SYBR Gold、Texas Red、GelStar、Fluoroscecin、 Radiant Red等染色的核酸凝膠；以及Coomassie Blue、SYPRO Orange、銀染的蛋白質凝膠等。

 

（2）其他樣品成像：96孔板、培養皿等白光或自然光可激發的樣品成像。用成像系統成像由于焦距、光圈等參數可固定，圖像質量更加均一，要優于手持相機拍攝。

 

（3）半定量分析：根據分子量標準的分子量和濃度，可以對核酸或蛋白質的分子量、濃度、相對含量等進行半定量分析。該分析主要是根據條帶的位置和條帶亮度與分子量標準的位置及亮度比對得到的結果，該結果要遠準確于肉眼的觀察和估計。另外，有些系統可進行遺傳樹分析和VNTRs等分析（如北京賽智ChampGel, SmartGel凝膠成像系統），可以便于在遺傳學水平上進行分析。

 

（4）菌落計數分析：可以對培養皿上的菌落進行計數，可以降低手動計數帶來的誤差。

 

（5）點雜交分析：微孔板或膜上的雜交反應進行定性和半定量分析，可以根據閾值分辨出陰性和陽性雜交，并計算出濃度值。

 

（6）測量分析：對樣品的長度進行測量，適用于生物樣本的長度測量，抗生素效價的計算等。